Me pasó lo mismo, en mi caso fueron tanto los dos desagües del habitáculo como el desagüe del climatizador del lado del copiloto.
El de debajo de la batería sencillo, se quita la batería y se ve enseguida, en mi A4 B6 está pegado a la luna delantera, a la misma altura en el otro lado se ve otro igual, si está sucio es fácil confundirlo. Con meter el dedo es suficiente para desatascar pero con cuidado ya que tiene una goma que puedes tirar.
El caso del desagüe del clima, yo lo que veo más fácil es elevarlo, yo use unas rampas ya que no tengo foso.
Quitar el cubre cárter delantero y trasero y a la altura de donde empieza el tubo de escape se ve un desagüe, fue meter un poco el dedo y empezar a salir mucha agua.
Luego con trapo fui secando y todos los días ponía periódicos para que empape. A la semana ni rastro de humedad en la moqueta trasera.
Destacar que fue en el desagüe del copiloto, si es el del lado del conductor al estar la centralita no queda otra que desmontar arriba.
No pude sacar foto del desagüe por abajo. En el próximo cambio aceite la sacaré.