En alemania puedes pagar de dos formas, con o sin iva, te recomiendo siempre pagar con iva aunque sea iva deducible, por norma general te hacen mejor precio y descuento si pagas bruto, ademas no te tienes porque preocupar porque en las liquidaciones trimestrales de IVA el 3% de mas que pagas te lo compensan.
La otra opcion es pagar netto, y en las ventas trimestrales pagar el iva, pero no te lo aconsejo porque vas a pagar muchisimo y alguna vez es posible que no tengas la liquidez y es cuando vienen los problemas.