Sin saber precisar donde radica el problema que expones y dados los cambios realizados a nivel de piezas.
Deduzco que antes de realizar la reprogramación no existían estos problemas.
Creo que sería conveniente llevarlo al taller que realizaron la repro, e informarles de lo que le sucede al coche y de lo sustituido.
¿Pudiera haber una causa efecto?
Sólo leer tu hilo, es lo primero que me ha venido a la cabeza.
Espero que puedas solucionarlo y disfrutar de esa maravilla que es el RS3.
Mantennos informados.
Un saludo.