Yo miraría la tensión que tiene la batería antes de arrancar después de una noche, a ser posible sin ni siquiera abrir el coche (por ejemplo sacando un par de tomas del positivo y negativo que hay en el capó motor). Si la tensión está por encima de 12 voltios (12,3 a 12,7),hay que pensar en una mala codificación. No se en tu coche, en los del 2007 se puede desconectar la batería antigua sin problemas y tranquilamente poner la nueva y después hacer con el vag el procedimiento de codificación. Lo digo por si el sistema cree que tienes todavía la batería antigua y tiene que inhibir sistemas para asegurar el arranque. Una vez da carga el alternador el controlador ya da servicio a los dispositivos.
Ya digo, es mi opinión y por mirar no se pierde nada.