Yo tengo un problema parecido, te voy a contar mi situación por si te sirve.
Hace algo más de un año en mi A3 Sportback, me dieron un golpe en una puerta trasera. La puerta no se podía arreglar y tuvo que ser sustituida por completo. Desde el minuto 1 en que me entregaron el coche vi que la puerta no encajaba al 100%, aunque no me pasa como a ti que tenga que empujar fuerte, ni le cuesta soltar del gancho. Mi puerta va perfectamente, pero cuando la cierras suena mal, muy diferente que las otras 3 puertas, y cuando está cerrada se nota que está unos mm desencajada.
El mismo día que me entregaron el coche tras el arreglo se lo dije a los del concesionario y su respuesta fue que al montar una puerta a posteriori no tienen la maquinaria que tienen en la fábrica y nunca queda ajustada al milímetro. Dijeron que les es virtualmente imposible dejar la puerta perfecta, y fruto de esa imperfección es el sonido que yo tengo.
No contento con ese tema, fui a un taller de confianza a preguntar y me dijeron lo mismo. Que si yo quería me la intentaban ajustar, pero no aseguraban mejora, incluso podría empeorar.
Así que finalmente decidí dejar la puerta como está. No me entra agua cuando llueve ni aire ni nada, la puerta abre y cierra bien, sin sobreesfuerzo, lo único es el ruido raro y que queda unos mm desajustada.
Supongo que a ti te pasa lo que a mi pero estando un poco más desajustada que la mía.