problemas ninguno, lo unico que te tardara mas en calentar el coche y salir aire caliente. por lo demas un trasto menos.
anular la egr es con chapa ciega y posteriormente hacer repro para que no salga el fallo.
lo de estropear el FAP por anular el enfriador nada que ver, anular egr quizas porque todas las cenizas que no se traga el motor van directas al escape y como es logico tendras unas pocas mas.
solucion darle alegrias mas habitualmente.