El Leon y el A3 comparten una gran cantidad de elementos, que son identicos (como el motor, TFSI = TSI) o muy similares (como el chasis, con diferencias muy pequeñas), al ser del grupo VAG y compartir "piezas" para ahorrar costes.
Pero a partir de ahi son coches completamente distintos, son niveles distintos. Aparte del diseño (que aunque es muy personal, creo que todos estamos de acuerdo en que A3 es mucho mas bonito, especiamente si le ponemos un SLine...), los materiales del A3 son mejores (cueros, tapicerías, salpicadero, etc), los acabados tambien, el montaje (mucho mas probable que te salgan grillos en el Leon), la insonorización, etc.
¿Merece la pena pagar el extra que cuesta el A3? Pues depende de cada uno y lo que valore en un coche. Si valoras todo lo anterior y estas dispuesto a pagar un plus por la marca (no nos engañemos, de la diferencia del Leon al A3 parte es por llevar los 4 aros, simplemente), y por supuesto puedes permitirtelo, adelante con el A3.
Sin embargo, si vas un poco mas justo de pasta, o si todo lo anterior te importa poco y solo quieren un bueno coche (el Leon sin duda lo es, aunque el A3 lo sea mejor) que te lleve a los sitios, no deberías comprarte el Leon.
Yo estuve con la misma duda (Leon VS A3, aunque en 1.8 TFSI automático, con techo y demas), y me decidí por el A3 (aunque aun no me he decido del todo) ya que para mí un coche tiene un componente de capricho muy grande, y prefiero gastarme mas en esos detalles que harán que me "enamore" de mi coche.
PD: El Leon y el A3 son el mismo segmento (compactos) y estan dirigidos al mismo publico (con la excepción de la pasta que tengan, claro). Tanto en nivel básico (Atracction - Leon "normal"), como con toque deportivo (Ambition - Sport), como deportivo (S3 - FR/Cupra). Como excepción tenemos el Ambiente, con sus maderitas y tal ofrece un A3 "de señor" que no hay en Leon.
PD2: Aunque quiero gasolina, y quiero un compacto, la nueva oferta de BMW del 320d (177CV) por 29.900€ me esta tentando seriamente (con un buen chorro de extras se pone en 33.500...)