Supongo que te referirás a pagos superiores a 2.500 euros. Echa un vistazo: http://www.emede-asociados.com/blog/pago-en-efectivo-limite-2500-euros/
Si se trata de particulares, no existe ese límite.
Además, cualquier operación que hagas en efectivo en un banco, que sea igual o superior a 3.000 euros (por ejemplo cobrar un cheque o ingresarle a alguien esa cantidad), queda obligatoriamente registrada con tu nombre y tu DNI.