En pincipio no tendrian nada que ver. Prueba a ver si te bajan las ventanillas desde el boton del coche con un solo toque. Si no es así, únicamente se te habrán desprogramado. Mira aquí:
http://audittco.blogspot.com.es/2012/06/brico-reprogramar-elevalunas.html
Si esto no funciona, prueba a preguntar en el subforo de VAGCOM, que deben tener mas idea...
Si amigo,funcionan correctamente a un toque como siempre,por eso me a extrañado que no abran desde la llave.