¿Has dejado sin conectar a ningún sitio el cable que va solo en el medio, en el pin 5? A pesar de lo que se dice antes, estoy seguro tiene que estar conectado al circuito de diagnóstico (línea K). Si no, es posible que eso te esté dando fallo. Que yo sepa, ese cable no tiene nada que ver con las luces.
La conexión de diagnóstico la puedes tomar del conector del cd, que según el esquema que te ha puesto ximo antes, debería ser en el pin 14 del conector de tu cd.
Si no te funciona con eso, puede ser que el fallo sea del aparato que has puesto. Lo que no me encaja es que digas funciona bien, aunque se corta cada dos segundos. ¿Qué es lo que se corta? ¿El cargador o cualquier otro aparato (tu cd anterior, la radio...)?
Yo tuve un fallo de cortes intermitentes, pero lo que dejaba de funcionar era la radio, dos segundos sí y dos no. Y el fallo era en el Bluetooth que le estaba poniendo, que tenía mal uno de los integrados que controla el anillo de FO y el bus de datos. Cuando puse un BT bueno, todo se arregló.