Hola, para poner un USB puedes montar el AMI (Audi Music Interface), Un aparatejo que pones en la guantera, original de audi, en donde puedes conectar desde USB e Ipod, aunque su precio (250€ +- por ebay) es bastante caro.
Hay la opcion de montar un "xcarlink" una interface que hace pensar al coche que un USB es un cargador de CDS y tambien te valdria, aunque no se te ben los titulos en la pantalla, esta opcion es mas barata, unos 70 o 80€ por ebay.
El Subwoofer, si que se lo puedes cambiar, tienes que ver que te coja un cajon de resonancia y una etapa en el mismo hueco que el original, que dudo que quepa, yo de ti montaba el SUB BOSÈ con su ampli original.