Cuando tengas el vagcom y para perderle el respeto jeje en el apartado del motor hazle el test de actuadores (Output Test -03) y podrás "ver" como actúa la regulación del turbo(N75) y la "valvula de paro" (N no me acuerdo), entre otras, que cierra el aire cuando apagas el motor. Te puede dar una idea de lo que te pasa.
La geometría del turbo se atasca y provoca lo que tu llamas "modo seguro" y lo del cabezeo por lo que indicas podría ser la "válvula de paro".
Revisa tambien el circuito de vacio que al final es lo que "maneja" estos sistemas. Mangueritas sueltas, rajadas, inestancas...
El circuito de vacio lo identificas rápidamente porque las mangueritas finas no llevan abrazaderas ni clips, se sujetan solas, por el mismo vacio no se pueden salir.