Hola de nuevo:
Os cuento lo que he podido indagar por internet:
Los coches que tienen el diferencial en la parte trasera montan motores longuitudinales para poder transmitir el giro del cigüeñal hacia la parte trasera (quedando así alineado el piñón del diferencial). Este es el caso, por ejemplo, de BMW. Lo mismo sucede cuando el coche es tracción total (como los Audi quattro), por el hecho de tener que transmitir también la tracción al eje trasero.
Asimismo, lo motores más grandes (como comentaba Tineo) tienen que montárse longitudinalmente para poder caber en el vano motor delantero (otra opción sería montarlos detrás, como los F1).
En cambio, los motores transversales se emplean para vehículos con traccion delantera. Su principal ventaja es que ocupan menos espacio, por lo que se aprovecha mejor el espacio interior para los pasajeros. El primer coche en montar un motor transversal fue el MINI COOPER y ahora casi todos los utilitarios lo hacen así.
Conclusión: el A4 monta el motor longitudinalmente para poder equipar tracción quattro y para poder albergar motores enormes como el del RS4. Por lo que yo entiendo, no haría falta montar el motor longitudinalmente para un A4 con tracción delantera y un tamaño medio de motor (de hecho así se ahorraría espacio y se mejoraría la habitabilidad para los pasajeros, como creo que sucede en el nuevo VW Passat con motor longitudinal).
Muy interesante la info que ofrece la Wikipedia sobre la disposición del motor:
http://es.wikipedia.org/wiki/Configuración_automotriz
http://es.wikipedia.org/wiki/Disposición_del_motor
Salud!