El problema de actualizarlo vía OTA,es que es más cómodo,pero no es nada aconsejable,yo lo e actualizado solo 2 veces vía OTA,y sin problemas,pero si puede ser ese el problema,que no te haya echo correctamente la actualización,lo que puedes hacer es descárgate de nuevo iOS 9.3.3 y guárdalo en el escritorio y de hay cuando restaures pones la copia que acabas de descargar al escritorio...Saludos
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